第一階段: 1994年，國家稅務(wù)總局實施金稅一期工程，包括增值稅交叉稽核和增值稅防偽稅控兩個子系統(tǒng)，在全國50個試點上線。通過人工采集納稅人的發(fā)票信息和電腦比對，發(fā)現(xiàn)了問題。但由于人工采集數(shù)據(jù)的錯誤率較高，金稅一期被叫停。

第二階段: 2001年借鑒一期，金稅二期實現(xiàn)了發(fā)票數(shù)據(jù)的自動采集，同時增加稅種，將海關(guān)增值稅完稅憑證納入管理，并將上述功能推廣到全國。

第三階段: 2013年，“金三”終于在金稅一期、二期(地稅未全覆蓋)后到來！在廣東、山東、河南、山西、內(nèi)蒙古、重慶6個省(市)級國家地稅局試點后，于2016年全部推進(jìn)工作完成后最終實施。